Indeksilainan verotus on riippuvainen liikkeeseenlaskijan kotimaasta. Suomessa yleisesti verovelvollisille luonnollisille henkilöille ja kotimaisille kuolinpesille suomalaisen liikkeeseenlaskijan indeksilaina on lähdeveron alainen, ulkomaalaisen liikkeeseenlaskijan pääomatuloveron alainen.
Vuonna 2008 sekä lähde- että pääomatulovero ovat 28%. Korkotulo, josta maksetaan lähdeveroa, ei ole tuloverotuksessa veronalaista tuloa. Omistusta ja korkotuloa ei tarvitse ilmoittaa veroilmoituksessa. Pääomatulot ovat verotuksessa veronalaista tuloa ja omistus tulee ilmoittaa veroilmoituksessa. Osakeyhtiöiden verotus
Osakeyhtiöille takaisinmaksu eräpäivänä katsotaan verotettavaksi liiketuloksi, mikäli yhtiön verotus toimitetaan elinkeinotulon verottamisesta annetun lain mukaan. Osakeyhtiö voi vähentää hankintamenot ja säilytyskustannukset verotuksessaan lunastuksen tai takaisinmaksun yhteydessä. Myös mahdollinen tappio joka syntyy lunastuksesta tai takaisinmaksusta on vähennyskelpoinen veronalaisesta liiketulosta.
Jälkimarkkinahyvityksen verotus ja vähennysoikeus
Jos indeksilaina myydään jälkimarkkinoilla kesken laina-ajan ja verovelvollinen saa myynnin yhteydessä luovutusvoittoa, verotetaan luovutusvoittoa pääomatulona. Pääomatulojen veroprosentti on 28 (v. 2008). Mahdollinen luovutustappio on vähennyskelpoinen erä myyntivuonna ja sitä seuraavana kolmena vuotena verovuonna saaduista luovutusvoitoista. Mahdollinen luovutusvoitto tai -tappio on ilmoitettava veroilmoituksessa.